由于彩椒生長要經歷夏季高溫和冬季低溫2個不同階段, 生長時間較長, 因此, 各種病蟲害發生較多。生產上按照預防為主、綜合防治的原則, 通過農業、生物、物理和化學等措施及時防治病蟲害。
　　1 農業防治:
　　采用地膜覆蓋, 膜下澆水, 及時通風降濕, 高溫悶棚, 增施有機肥料, 加強植株自身抗病能力。
　　2 物理防治:
　　溫室覆蓋遮陽網和防蟲網以及在溫室內懸掛黃板可防止和誘殺白粉虱、蚜蟲等, 有效的預防病毒病的發生, 或利用昆蟲的趨光性在溫室內布置頻振式殺蟲燈, 還可以通過臭氧發生器發生臭氧來殺滅病蟲害。
　　3 化學防治:
　　疫病用百菌清煙霧劑熏蒸, 或72.2%的普力克600倍液灌根, 64%殺毒礬1 000倍液葉面噴霧;根腐病用50%的多菌靈可濕性粉劑600倍液灌根;病毒病可用殺毒礬500倍液噴霧。常見蟲害有白粉虱、蚜蟲。苗期可用1.8%阿巴丁乳油1 500倍液;生育期可用10%吡蟲啉可濕性粉劑2 500倍液、或20%滅掃利1 500倍液防治。